В 1742 г. командиром Оренбургской экспедиции, называвшейся в то время Оренбургской коммиссией, назначен был Ив. Ив. Неплюев, государственный деятель петровской школы. Прежде всего Неплюев принялся за развитие военных поселений, на важность которых для умиротворения края указывал и Петр. Центром этих поселений избран был Оренбург, который Неплюев перенес на р. Урал, где он находится в настоящее время. От Оренбурга во все стороны разветвлялись линии укреплений, которые непрерывной сетью должны были охватить все инородческое население. Часть этих укреплений построена была еще до Неплюева, но лишь он привел их в законченную систему. От Оренбурга на юг до устья реки Яика шла линия Нижнеяикская, состоящая из 9 крепостей и 18 форпостов. Постройка и оборона линии возложена была на яикских казаков, этих первых колонизаторов нижнего Яика, наполовину инородческого происхождения, которых Неплюев окончательно ввел в систему военных поселений, причем положено было им жалованье и даны льготы по рыболовству. К западу от Оренбурга шла линия укреплений по реке Самаре; она имела своим назначением связать Яикскую линию с Волгой и отделить башкир от калмыков, кочевавших в степях между реками Волгою, Яиком и Самарой. Здесь, кроме города Самары, который в военном отношении подчинен был оренбургскому начальству, было 9 крепостей и 3 редута. К северу от Оренбурга шел двойной ряд военных поселений, один вверх по Яику, другой по Сакмаре. Первая линия - Яикская на протяжении 560 верст до Верхнеяикской крепости имела 10 крепостей и 16 редутов, а пройдя Верхнеяикскую крепость эта линия вскоре разветвлялась: одна ветвь ее тянулась по р. Ую и через нее к Тоболу и, связывая таким образом военные поселения оренбургского ведомства с сибирскими форпостами, доходила до Звериноголовной крепости, которая в 1753 г. и была передана от сибирского губернатора в ведомство Оренбургской губернии. Сакмарская же линия состояла первоначально из 10 крепостей и 2 редутов, но после бунта 1755 г. она была доведена до речки Зилаира, где заканчивалась Зилаирской крепостью. Люди для заселения этих укрепленных пунктов указаны были еще Кириловым. это были: 1) ландмилицкие полки, в числе 4, сформированные, в силу указа 19 февраля 1731 г., частью из служилых людей закамских пригородов - Ерыклинска, Тиинска, Билярска, Старо и Новошешминска, Заинска и Алексеевска, частью из бывших служилых людей - городовых дворян, драгун, рейтар и проч., которые в 1724 году названы были государственными крестьянами и в числе около 30000 жили в разных городах и деревнях Казанской губернии. Полки эти были водворены на постоянное жительство с женами и детьми по Самарской и Яикской линиям. 2) Гарнизонные оренбургский и уфимский полки, сформированные в 1735 и 1736 гг. из городовых служилых людей уфимских, мензелинских и бирских и из сибирских недорослей и 3) Оренбургское казачье войско, начало которому положил Кирилов, когда в основанные им крепости стали принимать на житье и службу разного рода охотников, большею частью сходцев (беглых) как русского так и инородческого происхождения. По исчислению Рычкова, всех служивших по линиям и внутри Оренбургской губернии около 1760 г. было 20000 человек, не считая тех команд, которые на лето ежегодно командировались туда для содержания форпостов. Но одна военная колонизация не удовлетворяла Неплюева. Он явился не только замирителем края, но и гражданским его устроителем. По его представлению учреждена была в 1744 г. Оренбургская губерния и в состав ее вошли все земли, которыми ведала Оренбургская экспедиция, и кроме того Исетская провинция с зауральскими башкирами, Уфимская провинция со всеми башкирскими делами, а также ставропольский уезд и Киргизские степи. Неплюев был назначен первым оренбургским губернатором. В этом звании он усердно заботился о привлечении в вверенный ему край земледельческих и промышленных элементов, но при этом он встречал препятствия, глубоко коренившиеся в тогдашнем общественном и государственном строе России. Колонизация русских окраин всегда шла помимо правительства и даже в разрез с установленными им порядками; колонизаторами обыкновенно являлись "гулящие люди", т.е. беглые, которые спасались от крепостного ига, от тяжести налогов, от рекрутской повинности, а также от религиозных преследований. Очевидно, что оренбургский губернатор в своих заботах о колонизации края не мог потворствовать подобного рода выходцам. Татищев, который начал было это делать, получил из Петербурга формальный выговор. При таком положении дела приходилось изыскивать другие элементы для заселения края. Была сделана попытка привлечь сюда выходцев из среднеазиатских ханств, но результаты получились самые ничтожные. В 1745 г. насильно переселены были кундровские татары, с давних пор кочевавшие близ Астрахани, но это были плохие колонисты, способные лишь к скотоводству. Не больше пользы принесло поселение крещеных калмыков, которых в 1754 г. считалось в Оренбурге 56 кибиток и 205 душ обоего пола. Действительно полезным элементом явились казанские татары, "люди торговые и пожиточные", которые в 1744 г. выразили желание переселиться в новый край, но с тем, чтобы им была предоставлена льгота от рекрутской повинности и право строить мечеть (что тогда воспрещалось). Поселившись в числе 200 семей, в 18 верстах от Оренбурга, они образовали Сеитову слободу (по имени предводителя их - Сеита Хаялина) и явились главными посредниками в торговых сношениях России чрез Оренбург с Средней Азией; они завели здесь водяные мельницы, первые стали разводить хлопчатую бумагу и сеять сорочинское пшено. Все же старания правительства привлечь сюда русских купцов и ремесленников оставались безуспешными, так как с одной стороны русские обыватели были бедны и не имели средств тронуться с места, а с другой стороны городские общества, будучи обязаны отправлять разные повинности и службы, которые они несли всем миром, всячески противились выходу из среды своих сочленов, так как выходом одних неминуемо увеличивались тяготы остальных. Все усилия Неплюева привлечь сюда русских купцов на житье, все предоставленные им значительные льготы имели лишь тот результат, что под конец его управления губернией записанного купечества считалось 29 душ (да и те насильно переселены были из Уфы и Самары), и что некоторые купцы других гордов, сами и не бывавшие в Оренбурге, стали присылать для торга своих приказчиков. Более обильный приток колонистов давала ссылка; в Оренбургскую губернию ссылались преступники из купцов, мастеровых и ремесленников, но, конечно, это были элементы, весьма малопригодные для внесения в дикий край начал гражданственности и промышленности. Мысль о поселении в закамских землях малороссиян возникла во время управления краем Татищева, которому запрещено было принимать великороссийских беглых, но дозволено было селить выходцев из Малороссии. При преемнике его, кн. Урусове, послан был в Малороссию вербовать поселенцев капитан Калачев, который обещанием значительных льгот вызвал сильное брожение в стране. Малороссийские владельцы жаловались на свои потери, но жалобы эти оставались безуспешными до тех пор пока на престол не вступила Елисавета Петровна, известная своей приверженностью к Малороссии. Указом 1742 г. запрещено было "набирать малороссийцев для поселения в оренбургские крепости", а вместо них повелевалось селить там грузинцев и волохов. Поселения последних, равно как и поселения черногорцев и албанцев, которые начали было заводить в 1756 г., совершенно не удались. Но и выходцы из Малороссии были плохими колонистами, неспособными приноровиться к условиям нового края, где в одно и то же время необходимо было быть землепашцем, воином, ремесленником и торговцем. В своих неудачных попытках руководить делом колонизации Башкирии правительство обратилось, наконец, к отставным солдатам, на которых уже Кирилов указал как на материал пригодный для заселения этого края. Но попытка привлечь их добровольно не удалась, главным образом потому, что указом 1737 г. запрещалось им брать с собою детей, записанных в подушной оклад или закрепощенных за частными владельцами. Правительство положило принудить отставных солдат к переселению в Башкирию; от поселения освобождались только совершенно дряхлые, не подававшие надежды на то, "что могут жениться и домы содержать". В то время как правительство столь неуспешно старалось направить в Башкирию легальную колонизацию, продолжала подвигаться свободная колонизация края, которая не только не поощрялась, но и энергично преследовалась. В 1743 г., при производстве 2-ой ревизии, Неплюеву повелено было всех беглых, какие найдутся во вверенном ему крае, выслать на прежние места. Но Неплюев настоял, чтобы край не был лишен этого рода поселенцев, которые составляли самую предприимчивую, самую энергическую часть сельского населения. Не выдал Неплюев и тех беглых, которые найдены были под именем непомнящих родства в уфимском уезде и в казанских пригородах. Неплюев пошел дальше. Он выхлопотал указ 13 янв. 1746 г., которым всех непомнящих родства и помещиков повелевалось отправлять для поселения в Оренбург, где они наделялись землею, освобождались на три года от всяких сборов и рекрутской повинности. эти непомнящие родства образовали несколько слобод в нынешнем бугульминском уезде, и под конец управления краем Неплюева (1750) их считалось 3720 душ муж. пола, в том числе русских 1650. эта цифра дает понятие о ежегодной прибыли сходцев, известных правительству. Сколько же их безвестно скрывалось среди башкир и мещеряков! Но сильнейшим проводником колонизации края явилось горнозаводское дело. И в этом отношении Неплюев оказал краю огромную услугу. Вопреки мнению берг-коллегии, Неплюев настоял, чтобы горнозаводское дело в Башкирии было предоставлено частной предприимчивости и чтобы казна от него совершенно устранилась. Сенатским указом от 13 окт. 1753 г. предложения Неплюева были утверждены. Вслед за тем он принял ряд мер, заимствованных большей частью из Петровских узаконений по этому предмету. Главным образом он стремился к тому, чтобы земля не стала предметом монополии, чтобы отдельные заводчики не захватили земли больше, чем они могут эксплуатировать. Даже покупкой они не могли приобретать лишних земель. Для охранения рудников и заводов заводчик обязан был содержать на свой счет потребное количество гарнизона, который командировался ближайшим начальством из регулярных и иррегулярных войск. Мероприятия Неплюева привели к блестящим результатам. До него в самой Башкирии не было заводов, если не считать казенного Воскресенского завода, выстроенного в 10 верстах от Табынска Кириловым, а после него заброшенного. Завод этот был Неплюевым уступлен предприимчивому симбирскому купцу Ив. Бор. Твердышеву, который, в компании с своим братом и симбирским же купцом Мясниковым, основал 5 медных и 4 железных завода. На этих заводах водворено было свыше 1300 крестьянских, большей частью купленных заводчиками, дворов. По стопам Твердышева пошли и другие. Графы Сиверс, Шуваловы и Строганов, генерал-прокурор Глебов, дворяне Демидовы, промышленники Мосолов, Осокины и др. основывали заводы и переводили сюда своих и купленных людей из внутренних губерний. К 1760 г. в Башкирии действовало уже 28 заводов, в том числе 15 медных и 13 железных, а население их доходило до 20000 душ муж. пола. Всего же к этому времени пришлого населения насчитывалось в Башкирии 200000 душ обоего пола.