Но все эти меры оказались недостаточными. В 60-80 лет муллы - выходцы из бывшего Казанского царства, нафанатизировали башкирское население. К этому присоединились поборы воевод, захват башкирских земель. Уже в первой половине 17 века начинаются волнения. Тщетно Соборное Уложение 1649 г. (гл.16 п.43 и 44) запрещает приобретение башкирских земель и даже арендование их на продолжительные сроки; тщетно посылаются государевы указы о непритеснении башкир при сборе ясака. Центральное правительство было не в силах обуздать своих агентов на столь отдаленных окраинах. В 1662 г. вспыхнуло восстание под предводительством Сеита. Своей конечной целью восстание имело возрождение мусульманской независимости во всем Казанском крае и Сибири. В 1663 г. воевода Зеленин подавил восстание. За усмирением следует строгое воспрещение притеснять башкир с предписанием "держать с ними ласку и привет" и "их государевою милостью обнадеживать". Спокойствие в крае водворено, но ненадолго. В 1705 г. вспыхнуло восстание, еще более упорное. В 1707 г. один из башкир назвав себя Святым Султаном, задумал восстановить магометанское царство. Он ездил в Крым и Константинополь, пробрался на Кубань и к горским народам, чеченцам, мичкисам, аксайцам. Многие к нему пристали, в том числе кумыки, аграханские казаки-раскольники, окочены и татары, но 26 февраля он был разбит под Терком, и полчища его рассеяны. В то же время в самой Башкирии кипел бунт. Главными вождями восстания явились: на Осинской дороге Кусюм, на Казанской - Измаил, на Ногайской - Алдар. Башкиры осаждали Уфу, Бирск и Мензелинск, выжгли села по рекам Белой, Каме и Самаре и уже были в 30 верстах от самой Казани. Петр, занятый войной со шведами, не мог отрядить против них значительного войска. Боярин кн. Петр Иванович Хованский вступил было в мирные переговоры, но башкиры не были к этому склонны: они жаловались на тяжесть новых налогов, на рекрутскую повинность, и заявили, что путем восстания они хотят дать знать царю, что их челобитные на притеснения воевод до него не доходят. Удачные действия русских заставили их смириться. Мятежникам объявлено было прощение. Но внутри Башкирии мятеж не утихал. Петр разрешил собрать вольницу и истреблять башкир всячески, огнем и мечом. На зов явились калмыки. Две орды, по 10000 каждая, под начальством стольника Бахметева, вторглись в Башкирию, жгли селения, грабили скот, резали мужчин, уводили в плен женщин и детей. Восстание было подавлено, но едва удалились калмыки, оно вспыхнуло с новой силой. Последовало вторичное вторжение калмыков. Наконец приступлено было к более действительным мерам. В 1720 г. стоявший с войском в Мензелинске граф Головкин отправлен был в Уфу с грамотой: царь сулил башкирам прощение, но с тем, чтобы они выдали беглых и вперед их не принимали. В то же время Головкину поручено было исследовать причины бунтов. Башкиры смирились и обещались выдать беглых, прибывших за последние 10 лет. Действительно с 7 июня 1720 по 1 марта 1722 г. в Казань было ими доставлено 4965 беглых семей, а людей обоего пола 19815. Но волнения не прекращались. Петр думал о более прочных мерах для умиротворения края; но смерть помешала ему, и мысль его на время была забыта, хотя не умерла вовсе. В 1728 г. явилась в Москву башкирская депутация, во главе которой был Ярней Янчурин, с челобитной от башкир всех четырех дорог. Башкиры указывали на поборы воевод, на захваты их земель, на то, что аманатов (заложников) их употребляют на тяжелые работы. Правительство приняло эту челобитную милостиво и, согласно желаниям башкир, отделило в 1729 г. Уфимскую провинцию от Казанской губернии, подчинив ее непосредственно сенату. Удовлетворены были и другие жалобы башкир. В том же 1729 г. они были освобождены и от рекрутской повинности, впредь до нового указа. Но в то же время в правительственных сферах были и другие течения. В 1730 г. явилась записка одного тогдашнего государственного человека, вероятно А.П.Волынского. Записка припоминает мусульманскую религию башкир, их прежние жестокости по отношению к русским, указывает на необходимость держать в Уфе умного воеводу, снять карту Башкирской земли, собрать подробные сведения о крае, привести в порядок старые крепости и построить новые. Еще решительнее выступил в 1734 г. известный Кирилов, один из учеников петровской школы, составитель книги: "Цветущее состояние Российского государства" и первого атласа России. Кирилов имел случай слышать лично от Петра его предположения и ждал первого случая, чтобы осуществить их. Случай представился превосходный. От Алтайских гор до Аральского моря, Хивы и Бухары кочевали орды Киргиз-Кайсацкие, сгруппировавшиеся в конце 15 века из разных сходцев тюркского племени около одного ханского дома. Теснимые зюнгарским ханом Галдан-Черенем, две орды, средняя и меньшая, появились близ русских пределов. После столкновения с башкирами, калмыками и уральскими казаками, хан меньшей орды Абул-Хаир предложил России свое подданство и просил построить город на реке Ори, в котором бы он мог найти себе убежище в случае нужды. Тогда-то выступил с своим предложением Кирилов; он указывал на то, что из города на Ори может идти русская колонизация в Башкирскую землю, а необходимость этой колонизации сознавал и Петр, приказывая искать руды на башкирских землях, и она уже началась с распространением заводов. Отсюда же, полагал Кирилов согласно предначертаниям Петра, русское влияние должно было распространиться и на Среднюю Азию: отсюда открывался путь русским товарам в Бухару, Бадахшан и Индию. Чтобы поддерживать власть над башкирами Кирилов советовал не давать им примириться с киргизами. Поэтому он предполагал сделать новый город не только крепостью и административным центром, но и центром торговым и промышленным. Все эти предложения были приняты, и город Оренбург получил большие льготы; позволено в нем селиться русским и иностранцам, всяких вер и званий; земля под постройки давалась поселенцам безденежно, учреждался магистрат. Строить город были посланы Кирилов с Тевкелевым, для охраны им был дан отряд из местных войск. Город велено строить тептерям; при экспедиции были геодезисты для составления карт и техники. Прибыв в Уфу, Кирилов занялся приготовлениями к строению города; сюда приехали к нему башкиры, которых он обнадежил разными льготами, ибо правительство всеми мерами старалось склонить их на свою сторону. Так, отменялся обычай брать от башкир заложников, а вместо того призывались они, как члены вновь учреждаемого суда; обещана была им охрана землевладения, оставление на своих местах беглых и т.п. Башкиры казались довольными, но замышляли иное. В это время их восстания получают уже иную основу; мусульманская пропаганда теряет свое значение, надежды на восстановление магометанского царства почти исчезли, но башкиры, уже раньше жаловавшиеся на единичные захваты их земель, начинают опасаться за самое существование своих земельных владений. И в самом деле колонизация сплошной стеной надвигалась на Башкирию. В 1699 г. начали строить Невьянский завод, подаренный Петром в 1702 г. предприимчивому Демидову; затем явились заводы Уктусский, Каменский, Алапаевский, Сысертский, Тагильский, Исетский и др.; возник Екатеринбург - место главного управления горными заводами. К концу царствования Петра при одних казенных заводах было 5422 души муж. пола. Все эти заводы лежали вне башкирских земель, но они к ним уже подступали. В 1724 г. башкиры ограничены были в праве владения лесами, которые подразделены были на заповедные и незаповедные. В постройке г. Оренбурга (который Кирилов заложил там, где теперь Орская крепость) они видели дальнейшую меру лишения их земельной собственности. Они решили сопротивляться. В 1735 г. вспыхнуло восстание под предводительством Кильмяк-Абыза. По первым же слухам о восстании назначен был Александр Иванович Румянцев идти усмирять его. Несмотря на турецкую войну даны были регулярные войска, которые и двинулись в Башкирию под начальством Румянцева. Со стороны сибирской действовал известный историк В.Н.Татищев, бывший в то время главным начальником горных заводов в Сибири и Перми. В июне 1736 г. большая часть Башкирии была выжжена и разорена. В то же время принимаются меры к усилению в Башкирии русских и других благонадежных элементов. Указом 1736 г. русским разрешено приобретение башкирских земель, а мещерякам, оставшимся верными и в бунтах не участвовавшим, предоставлено было право собственности на те земли, которые они до того арендовали у башкир-бунтовщиков. В 1739 г. тептери и бобыли, которые составляли род крепостных по отношению к природным башкирам, освобождены были от платежа оброка башкирам-бунтовщикам, а тем из них, которые не желали платить оброка и башкирам, оставшимся верными, предоставлено было занимать земли башкир-бунтовщиков без всякого вознаграждения прежних собственников. Вместо Румянцева прислан Хрущов, который, забирая башкир в качестве заложников, перебивал их; иначе поступал Татищев: он только отбирал оружие и заставлял присягать на Коране. Между тем в апреле 1737 г. умер от чахотки Кирилов. Его место занял Татищев. Последний предлагал перевести Оренбург дальше к Красной горе (где теперь Красногорская крепость), а для окончательного умиротворения края он признавал нужным не одни только военные действия и меры устрашения, но главным образом улучшения в области управления и аграрных отношений башкир и мещеряков. Татищев предложил ряд соответствующих мероприятий, но сделать ничего не успел, так как через год был сменен. На его место главным командиром Оренбургской экспедиции назначен был кн. Урусов. При нем восстание не только не утихает, но разливается с еще большею силою. Башкиры провозглашают своим ханом Султан-Гирея, по прозвищу Каракасал (см. это сл.). В 1740 кн. Урусов вместе с Соймоновым, сменившим Хрущова, подавляет, наконец, восстание. При этом сожжено и разорено было 696 жилых деревень, и, по одним официальным рапортам, башкиры потеряли убитыми 16634 человека, сослаными в разные места до 4000; кроме того 301 чел. были наказаны отрезыванием носа и ушей, отобрано было множество верблюдов, лошадей и рогатого скота. Смерть Урусова в Самаре (1741) прекращает его деятельность. В области внутреннего управления он успел только обнародовать именной указ, который изменил волостное управление в башкирских волостях, и родовых старшин, управлявших дотоле волостями по праву рождения, заменил старшинами, есаулами, писарями, сотниками, избираемыми под надзором администрации.